特に問題はないと思います．気になるなら /dev/null に捨ててしまえばよいでしょう．

gnuplot ./plot.gp 2>/dev/null

この例は他にもっと複雑なことをさせるための手がかりではあるとおもいますが，

plot 'a.txt', 'b.txt', 'c.txt'

と，結果において同じになります．

〔ツリー構成〕

【1093】 script の出力からのデータプロットについて 2005/11/4(金)14:35 u_kazu (1213) ≪

┣【1094】 re(1):script の出力からのデータプロットについて 2005/11/4(金)20:48 松田七美男 (256)

┣【1095】 re(2):script の出力からのデータプロットについて 2005/11/9(水)23:37 u_kazu (177)