こちらで

set pointsize 2
set zrange [0:2]
set style line 1 lt 1 lw 1
splot "data" w p 2, "" w i ls 1

としてみましたがそのような現象が再現しません。その現象が起こるような
「完全な」(小さい) gnuplot スクリプト (命令列) を提示してもらえないで
しょうか。

〔ツリー構成〕

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