私も同じ現象が起きています。

　原因は、そのスクリプトのパスに日本語が入っているためのようです。
　例えば、デスクトップ上で

gnuplot>!echo plot sin(x) > work.plt
gnuplot>load "work.plt"

とするか、マウスで"work.plt"を open すると gnuplot が落ちてしまいますが、
同じ事をパスに全く日本語を含まないフォルダー上で行うと大丈夫です。

　角藤版(4.1)，本家版(4.0)の両方とも同じ現象が起きますが、起きない場合も
あるので、OS(WindowsXP HE)，gnuplotの設定等に依存しているかも知れません。
  
　参考になれば幸いです。

〔ツリー構成〕

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