pm3d の色の選択は、実際のグラフの高さとは別に与えることができます。
help pm3d を見てください。4 列のデータを使えばいいでしょう。
ただし、デフォルトでは 3 列しか使われませんから、using で明示する
必要があります。

あまり綺麗な例ではありませんが、サンプルを。

awk 'BEGIN{\
for(x=-10;x<=10;x++){ \
for(y=-10;y<=10;y++) \
printf "%f %f %f %f\n",x,y,2*x-3*y,sin(x-y);\
print ""; \
}}' > test.dat

set pm3d
unset surface
splot 'test.dat' using 1:2:3:4

〔ツリー構成〕

【873】 球面上の関数の等高線、色調表示 2005/6/22(水)15:27 たけもと (724) ≪

┣【875】 re(1):球面上の関数の等高線、色調表示 2005/6/22(水)20:11 竹の (467)

┣【880】 re(2):球面上の関数の等高線、色調表示 2005/6/24(金)14:54 たけもと (357)

┣【881】 re(3):球面上の関数の等高線、色調表示 2005/6/24(金)19:58 竹の (1128)