期待している事が判りかねますが、もしデータの範囲が分かっているならば
x,y,zをすべてその最大範囲に設定すればよいのではないですか？
つまり，例になさっているように (0,0,0) (1,2,100) ならば
set xrange [0:100]
set yrange [0:100]
set zrange [0:100]　
とすることを言っています。
データの範囲が予め分かっているのではない場合、gnuplot単独では難しいでしょう．

〔ツリー構成〕

【1353】 z軸の長さについて 2006/7/8(土)20:10 S (293) ≪

┣【1354】 re(1):z軸の長さについて 2006/7/8(土)22:24 松田七美男 (351)

┣【1355】 re(2):z軸の長さについて 2006/7/8(土)23:17 S (425)

┣【1356】 re(3):z軸の長さについて 2006/7/8(土)23:29 S (275)

┣【1357】 re(4):z軸の長さについて 2006/7/9(日)21:09 松田七美男 (570)

┣【1358】 re(5):z軸の長さについて(解決) 2006/7/12(水)21:47 S (179)