他の人からの回答もあるかもしれませんが、2 つ程私の思い付く解を。

1) その C のプログラムでいっそ gnuplot のスクリプトファイルを作ってしまう
2) CVS 版 gnuplot (4.1) を使う

gnuplot 4.1 の help key から引用:

 `set key autotitles columnheader` オプションは、gnuplot が configure
 オプション --enable-datastrings 付きでインストールされた場合に有効です。
 このコマンドは各描画データの先頭行の各列のエントリをテキスト文字列と解
 釈し、対応する描画グラフのタイトルとして使用します。描画される量が、複
 数の列データの関数である場合は、gnuplot はどの列をタイトルの描画に使え
 ばいいのかわからなくなりますので、そのような場合、plot コマンド上で、
 例えば `plot "datafile" using (($2+$3)/$4) title 3 with lines` のよう
 に明示的にタイトルの列を指定する必要があります。

〔ツリー構成〕

【1395】 plotのtitle、あるいはkeyにデータファイルの文字列を渡したい 2006/9/29(金)12:29 古賀 (838) ≪

┣【1396】 re(1):plotのtitle、あるいはkeyにデータファイルの文字列を渡したい 2006/9/29(金)14:44 竹の (759)

┣【1397】 ご教授感謝：Cでスクリプトファイルを生成する方法を試してみます。 2006/9/29(金)16:29 古賀 (1236)

┣【1400】 re(1):ご教授感謝：Cでスクリプトファイルを生成する方法を試してみます。 2006/10/2(月)10:30 古賀 (1031)

┣【1402】 re(2):ご教授感謝：Cでスクリプトファイルを生成する方法を試してみます。 2006/10/2(月)13:49 竹の (545)

┣【1404】 うまくいきました。ありがとうございます 2006/10/2(月)14:50 古賀 (909)