いえいえちがいますよ。
mingwのgccというのがあり，これはcygwinとはちがってwindows Nativeのgccです。

gccによるwindows Nativeの開発環境は大きく２つあり，
Msys呼ばれるmingwと同じページからダウンロードできるUnix likeな開発環境です。
以前紹介したGnuWin32もMsys+mingwで構築されたwindows NativeなGnuのツールキットです。

もう一つは，cygwinをつかったクロスコンパイルライクな環境でmingwのコンパイラ
をcygwinの環境で動かすものです。

gnuplotのconfigにあるmakefileで言えば

makefile.mgw がMsys＋mingw
makefile.cyg がcygwin+mingw

Petrさんはmakefile.cygをつかって，cygwin+mingwでwindows Nativeのgnuplotを
作成されています。

ちなみにmakefile.mswはVC用で角藤さんはこれを使っているのだと思います。

また，ご存知とは思いますが，cygwinのアプリケーションは,cygwin1.dllがUnixのAPIをwindowsのapiで
エミュレートした環境上で動きます。
Unixに近い環境をwindowsで実現するものですので，x11が動きますし，cygwin版のgnuplotは,
Xアプリです。最近は，cygwinもかなり改善されてきていますので，gnuplotに関しては
Native版との差異はほとんど感じません。

〔ツリー構成〕

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