dgrid3d は，与えたデータを包含する最小の長方形領域のデータを生成しますので，まあ仕様です．
データ領域の境界を，式をあたえずに，有限個のデータから推定することは不可能かと思いますので，
このデータのままでは，どのようなグラフィックツールでもかなり難しいのではないでしょうか．
対処方法としては，例えば，無効なデータ領域を塗りつぶすのがてっとりばやいかなと思います．
右上の壁以外にも，３つの円形の壁？領域があるようなので，そこを黒く（cbrangeの最小値-100の色）
く塗るように指示するスクリプトを以下に示します．

set title "contour-N_(Mx)"
set parametric
set dgrid3d 60,80,4
set xrange [0:26.6]
set yrange [0:11.9]
set nokey
set isosamples 36
set urange[0:1]
set vrange[0:1]
set view map
set contour base
set nosurface
set pm3d at b
set cntrparam levels incremental -1200,50,1200
splot "data_r31N(Mx).dat" using 1:2:3 w lines, \
21+5.25*u,5+6.8*v,-100, \
5+2*u*cos(2*pi*v),5+2*u*sin(2*pi*v),-100,\
12+2*u*cos(2*pi*v),5+2*u*sin(2*pi*v),-100,\
18+2*u*cos(2*pi*v),5+2*u*sin(2*pi*v),-100

set terminal jpeg xffffff medium
set output "contour_r31N(Mx).jpeg"
replot

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