期待通り、なかなかすごい回答がきましたね。なるほどそうきますか。
それなら以下のような手もありですね。

set size square
set xrange [0:5]
set yrange[150:400]
unset key
plot 'data' pt 5 ps 22 lc palette z

ただ、元記事の方は x 座標が y 座標よりはるかに多いので、このよう
な正方形では多分だめだと思います。その場合は、重ね書きして x 方向
の offset をずらすという手はあるかもしれませんね。

〔ツリー構成〕

【2147】 スペクトログラムの表示 2009/11/23(月)12:59 agt (346) ≪

┣【2148】 re(1):スペクトログラムの表示 2009/11/23(月)14:48 竹の (605)

┣【2149】 re(2):スペクトログラムの表示 2009/11/23(月)15:42 agt (678)

┣【2150】 re(3):スペクトログラムの表示 2009/11/24(火)14:39 竹の (215)

┣【2151】 re(4):スペクトログラムの表示 2009/11/26(木)13:29 agt (1974)

┣【2152】 re(5):スペクトログラムの表示 2009/11/26(木)17:48 竹の (203)

┣【2153】 re(6):スペクトログラムの表示 2009/11/26(木)19:21 agt (206)

┣【2154】 re(7):スペクトログラムの表示 2009/11/26(木)19:41 竹の (371)

┣【2155】 re(8):スペクトログラムの表示 2009/11/26(木)23:38 松田七美男 (784)

┣【2156】 re(9):スペクトログラムの表示 2009/11/27(金)08:47 竹の (386)

┣【2157】 re(8):スペクトログラムの表示 2009/11/27(金)13:26 竹の (1364)

┣【2158】 re(9):スペクトログラムの表示 2009/11/27(金)15:15 松田七美男 (151)

┣【2162】 re(9):スペクトログラムの表示 2009/11/30(月)15:30 agt (2537)