gdbでトレースしてみました。
http://old.nabble.com/Re%3A-gnuplot.exe-hangs-instead-of-exiting-on-Windows-7-p31273341.html

HtmlHelp(NULL, NULL, HH_CLOSE_ALL, (DWORD_PTR)NULL);
のコードは，なにかプロットしたあとcloseするとちゃんと動いているようです。
したがって，gnuplot + win 7で上記でなにか初期化が
うまく動いていない可能性があります。

wgnuplotではtext windowsが立ち上がることがいい結果を生んでいる可能性もあります。
何らかのdummyの初期化ルーチンをいれることで解決する可能性があるような
気がするのですが具体的にどうすればいいのかわかりません。

まずは，Bastian Maerkischさんがどう反応してくるか待ちたいと思います。

〔ツリー構成〕

【2513】 Win7 での不具合 2011/3/28(月)10:02 竹の (640) ≪

┣【2514】 re(1):Win7 での不具合 2011/3/28(月)12:46 松岡 (1269)

┣【2515】 re(2):Win7 での不具合 2011/3/28(月)16:37 松岡 (831)

┣【2516】 re(3):Win7 での不具合 2011/3/29(火)10:13 竹の (178)

┣【2517】 re(4):Win7 での不具合 2011/3/29(火)12:12 松岡 (384)

┣【2518】 re(5):Win7 での不具合 2011/3/29(火)14:04 松岡 (372)

┣【2519】 re(6):Win7 での不具合 2011/3/29(火)16:31 竹の (856)

┣【2520】 re(6):Win7 での不具合 2011/3/29(火)16:52 松岡 (448)

┣【2521】 re(7):Win7 での不具合 2011/3/30(水)08:59 竹の (225)

┣【2522】 re(8):Win7 での不具合 2011/3/30(水)10:04 松岡 (671)

┣【2523】 re(9):Win7 での不具合 2011/3/30(水)12:39 松岡 (615)

┣【2524】 re(10):Win7 での不具合 2011/4/1(金)10:36 松岡 (272)