余分な四角形が出る問題は、本家に似たようなバグレポートがありました。
emf output - ID: 3469284
　http://sourceforge.net/tracker/index.php?func=detail&aid=3469284&group_id=2055&atid=102055
PowerPoint上でemf画像を右クリック、「図の編集」を行うと余分な四角形が出るというものです。
（余分な四角形のサイズがやたら大きいので、見た目が派手な現象がおきます。）

当方、ソースをいじるようなスキルは無いため、この辺りで脱落しようと思います。
多々ご対応いただき、ありがとうございました。

〔ツリー構成〕

【2604】 emfを含むMS-Word文書をPDFにエクスポートできない 2012/8/22(水)17:22 ryo-naka (816) ≪

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┣【2611】 re(6):emfを含むMS-Word文書をPDFにエクスポートできない 2012/8/30(木)20:09 竹の (350)

┣【2612】 re(7):emfを含むMS-Word文書をPDFにエクスポートできない 2012/9/5(水)09:54 竹の (410)

┣【2613】 re(8):emfを含むMS-Word文書をPDFにエクスポートできない 2012/9/5(水)15:44 松岡 (177)

┣【2947】 re(3):emfを含むMS-Word文書をPDFにエクスポートできない 2015/5/7(木)17:09 nook (226)