竹野さんありがとうございました。
freetypeとgnuplotのフォルダーを一度すべて破棄し、zipファイルから解答し直して、
configure、make、インストールするとうまく動きました。
AquaTermも復活し、gif Terminalも日本語が使えるようになりました。
ご指摘いただいた下記のサイトとはconfigureのオプションが違います。
（ご指摘に気付く前に出来上がってました。）
竹の> http://jugemchosuke.blogspot.jp/2011/11/gnuplot-on-mac-osx-lion.html

結局、使ったconfigureオプションはMacWiki
（http://macwiki.sourceforge.jp/wiki/index.php/gnuplot）の情報にgdlibを加えた下記のとおりです。
./configure --with-readline=builtin --enable-history-files --with-gd=/usr/lib --without-lisp-files
OSX Lionではreadlineはbuiltinで動きます。SnowLeopardではreadlineをインストールしgnuとしました。
これから$HOMEに試しにインストールし、それからシステムに入れるようにします。
結局原因は分からずじまいですが、色々勉強になりました。ありがとうございました。

〔ツリー構成〕

【2629】 gnuplot-4.6.1 で make できない 2013/3/6(水)17:12 nochino (1642) ≪

┣【2630】 re(1):gnuplot-4.6.1 で make できない 2013/3/7(木)09:47 竹の (533)

┣【2631】 re(2):gnuplot-4.6.1 で make できない 2013/3/7(木)12:20 nochino (1635)

┣【2632】 re(3):gnuplot-4.6.1 で make できない 2013/3/7(木)12:46 竹の (333)

┣【2633】 re(4):gnuplot-4.6.1 で make できない 2013/3/7(木)15:31 nochino (902)