竹の> この順序依存性自体は、少し怪しい (バグ ?) 気もしますので、時間がある時
竹の> に少し調べてみたいと思います。

これもバグというわけではないようです。set ytics add で別な設定を追加し
た後に add でない set ytics を行うと、その前に add で追加した手動設定
などがすべてクリアされるという仕様のようです。マニュアルにも以下のよう
に書かれています:

通常明示的な (手動の) 目盛り位置が与えられた場合、自動的に生成される目
盛りは使われません。逆に、`set xtics auto` のようなものが指定された場
合は、以前に手動で設定した目盛りは消されてしまします。この手動の目盛り
と自動的な目盛りを共存させるにはキーワード `add` を使用してください。
これは追加する目盛りのスタイルの前に書かなければいけません。

ここからも、手動設定の後に自動設定形式のものを設定すると手動設定のもの
が消える、という仕様だと読めますので、add の設定は、set ytics scale ...
より後にしないといけないようです。

〔ツリー構成〕

【3027】 2D headmapで各マスへ枠線描画 2015/10/16(金)19:12 valley (1055) ≪

┣【3028】 re(1):2D headmapで各マスへ枠線描画 2015/10/16(金)19:43 valley (111)

┣【3029】 re(1):2D headmapで各マスへ枠線描画 2015/10/16(金)22:56 竹の (704)

┣【3030】 re(2):2D headmapで各マスへ枠線描画 2015/10/20(火)01:03 valley (171)

┣【3032】 re(2):2D headmapで各マスへ枠線描画 2015/10/21(水)17:53 竹の (975)

┣【3039】 re(3):2D headmapで各マスへ枠線描画 2015/11/5(木)18:15 valley (1816)

┣【3040】 re(4):2D headmapで各マスへ枠線描画 2015/11/5(木)20:50 竹の (213)

┣【3041】 re(5):2D headmapで各マスへ枠線描画 2015/11/6(金)07:43 valley (256)

┣【3042】 re(6):2D headmapで各マスへ枠線描画 2015/11/6(金)10:50 竹の (255)

┣【3043】 re(7):2D headmapで各マスへ枠線描画 2015/11/11(水)00:57 valley (375)

┣【3045】 re(8):2D headmapで各マスへ枠線描画 2015/11/11(水)10:15 竹の (738)

┣【3046】 re(9):2D headmapで各マスへ枠線描画 2015/11/11(水)12:31 竹の (873)

┣【3047】 re(9):2D headmapで各マスへ枠線描画 2015/11/11(水)19:49 valley (564)