5.0.2でwxtターミナルでフォントサイズの設定にバグがあるようで
trackerで報告されています。

http://sourceforge.net/p/gnuplot/bugs/1731/

set terminal wxt font ',5'

のようにしてフォント名を省略してwxtターミナルを設定すると
フォントサイズがデフォールトのままになります。


set terminal wxt font 'Arial,5'

のようにフォント名を明示すればちゃんとフォントサイズは反映されます。

すでにtracker上にはパッチが出ていますので
ビルドされるときはパッチをあてられるとよいでしょう。

〔ツリー構成〕

【3060】 gnuplot-5.0.2 リリース 2016/1/24(日)01:22 竹の (2600) ≪

┣【3062】 re(1):gnuplot-5.0.2 リリース 2016/2/3(水)12:20 松岡 (467)

┣【3063】 re(2):gnuplot-5.0.2 リリース 2016/2/3(水)17:24 松岡 (322)

┣【3065】 re(3):gnuplot-5.0.2 リリース 2016/2/5(金)15:55 松岡 (218)

┣【3066】 re(4):gnuplot-5.0.2 リリース 2016/2/5(金)20:24 竹の (206)

┣【3084】 re(4):gnuplot-5.0.2 リリース 2016/2/11(木)14:30 松岡 (83)