mario> 1) gnuplot です。プロセスを見ると gnuplot 自体は生きていて gnuplot_x11 が
mario> 落ちているみたいです。一瞬ウィンドウが表示されかけて消えます。

例えば使用している gnuplot とそれが呼び出している gnuplot_x11
のバージョンがあってない、ということはないでしょうか。例えば
日本語化パッチを当ててない gnuplot_x11 を呼び出しているとか。

mario> set xlabel 'x 軸'
mario> set ylabel 'y 軸'
mario>
mario> なら 'x', 'y' のみ表示されて落ちないのですが,

'x' や 'y' のみしか表示されない、と言うことは code 系の問題の
可能性もありますね。gnuplot-mode 以外の .emacs の設定が何かを
引き起こしているの可能性もありますので、coding-system の設定と
gnuplot-mode の設定のみ書いた .emacs ファイルで試してみる、と
いうのも手かも知れません。

もう一度確認しますが、日本語を使用しないなら大丈夫なんでしょう
か。

あと、kterm で大丈夫で Emacs でだめ、という可能性として環境
変数の問題もあります。例えば Emacs を .xsession 等で立ち上げ
ている場合その中で gnuplot を起動すると、kterm とは定義されて
いる環境変数が違っていると思います。もし gnuplot 用の環境変数
をシェルの初期化ファイルで設定している場合はその可能性もあり
ます。

〔ツリー構成〕

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