松岡です。
使えるようでよかったです。

最後の自己フォロー（本当か？？？）

よく考えると2回目も書き戻しのタイミングを考えないと
いけませんね。
一応直しておいたバッチファイルを書いておきます。
w2.iniでwgnuplot.iniを上書きしておいたままでいいなら
同じならして省略していいはずです。

**************************************************
@echo off
copy %windir%\wgnuplot.ini wgnuplot.ini.bak > nul
copy w1.ini %windir%\wgnuplot.ini > nul
del temp2.txt > nul
start wgnuplot test.plt -
:loop
if not exist temp2.txt goto loop
del temp2.txt > nul
copy w2.ini %windir%\wgnuplot.ini > nul
start wgnuplot -persist test.plt
:loop2
if not exist temp2.txt goto loop2
del temp2.txt > nul
copy wgnuplot.ini.bak %windir%\wgnuplot.ini > nul

〔ツリー構成〕

【394】 グラフウィンドウの大きさ位置指定について 2004/10/15(金)17:55 ぷろ (408) ≪

┣【395】 re(1):グラフウィンドウの大きさ位置指定について 2004/10/15(金)20:02 竹の (101)

┣【396】 re(1):グラフウィンドウの大きさ位置指定について 2004/10/15(金)20:06 松岡 (539)

┣【397】 re(2):グラフウィンドウの大きさ位置指定について 2004/10/15(金)20:50 ぷろ (466)

┣【398】 re(3):グラフウィンドウの大きさ位置指定について 2004/10/15(金)22:19 波平 (653)

┣【399】 re(4):グラフウィンドウの大きさ位置指定について 2004/10/15(金)22:48 ぷろ (393)

┣【400】 re(5):グラフウィンドウの大きさ位置指定について 2004/10/16(土)07:08 波平 (836)

┣【401】 re(6):グラフウィンドウの大きさ位置指定について 2004/10/17(日)11:39 松岡 (675)

┣【402】 re(7):グラフウィンドウの大きさ位置指定について 2004/10/17(日)13:52 松岡 (1054)

┣【403】 re(8):グラフウィンドウの大きさ位置指定について 2004/10/17(日)16:44 松岡 (1089)

┣【404】 re(9):グラフウィンドウの大きさ位置指定について 2004/10/17(日)18:19 松岡 (255)

┣【406】 re(10):ありがとうございます 2004/10/18(月)16:29 ぷろ (179)

┣【407】 re(11):ありがとうございます 2004/10/18(月)17:14 松岡 (721)