残念ながら gnuplot の内部機能では実現できません．
外部コマンドの結果をパイプで流し込むという機能を利用するならば，
例えば，データファイルを名を diff.datとして，awkならば
主要部は

plot "<awk '{if($1) print $1,$2-py; py=$2}' diff.dat"

くらいでしょうか．
たぶん，竹のさんからもコメントがあると思いますが (^-^)

〔ツリー構成〕

【1113】 行と行の差 2005/11/30(水)21:01 kazu (571) ≪

┣【1114】 re(1):行と行の差 2005/11/30(水)22:34 松田七美男 (311)

┣【1115】 re(2):行と行の差 2005/11/30(水)23:39 kazu (486)

┣【1116】 re(3):行と行の差 2005/12/1(木)08:50 竹の (716)

┣【1117】 re(4):行と行の差 2005/12/2(金)17:31 kazu (438)

┣【1118】 re(5):行と行の差 2005/12/2(金)19:37 松田七美男 (147)