私もVine4.1のgnuplot-4.0で最初の"plot-log.eps"が正常表示できないことを
確認しました。たけのさんの指摘の通り，outputを""(NULL)指示すれば解決しますし，
また最初のファイルが正常表示できないのは正しい動きと思います．
output を切替えてないので，x11への描画コマンド(binary)が "plot-log.eps"
の2ページ目に出力されるはずだからです．

ところが，4.1以降では set term x11 で自動的に outputがリセットされる
ようになったと推定されます（まだ，きちんとソースを読んでませんので想像です）。

〔ツリー構成〕

【1560】 epsファイルの連続出力 2007/5/4(金)02:17 yama (798) ≪

┣【1561】 re(1):epsファイルの連続出力 2007/5/4(金)10:18 松田七美男 (140)

┣【1564】 re(2):epsファイルの連続出力 2007/5/6(日)19:22 yama (184)

┣【1566】 re(3):epsファイルの連続出力 2007/5/6(日)21:41 松田七美男 (474)

┣【1567】 re(4):epsファイルの連続出力 2007/5/6(日)23:07 竹の (1132)

┣【1568】 re(5):epsファイルの連続出力 2007/5/7(月)00:29 松田七美男 (617)

┣【1562】 re(1):epsファイルの連続出力 2007/5/4(金)20:31 竹の (182)

┣【1563】 re(2):epsファイルの連続出力 2007/5/6(日)19:16 yama (351)

┣【1565】 re(3):epsファイルの連続出力 2007/5/6(日)21:26 竹の (546)