自己フォローです。

そこのReadme（英語）にありますが，
/usr/localに，gnuplot4.3.cygwin.tar.bz2をおき，

tar xvfjk gnuplot4.3.cygwin.tar.bz2

で展開してください。/usr/local/gnuplot4.3　に展開されます。場所を変えることはできません。
(環境変数を適当に設定すればできそうですがそこまでよくわかりません。)
ホームディレクトリの .bashrc に

export PATH=/usr/local/gnuplot4.3/bin:$PATH

を加えてください。

〔ツリー構成〕

【1623】 Cygwin版gnuplot 4.3 (CVS) 版のバイナリーを公開しています 2007/8/16(木)07:04 松岡 (505) ≪

┣【1624】 re(1):Cygwin版gnuplot 4.3 (CVS) 版のバイナリーを公開しています 2007/8/16(木)07:58 松岡 (397)