よくわかりませんが、最新の CVS 版の gnuplot で、Octave 2.9.X への対処が
多少取られたようです。ChangeLog より:

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2007-08-31  Ethan Merritt  <merritt@u.washington.edu>

        Version 2.9.? of Octave switched to piping all data to gnuplot in-line
        rather than via a temporary file.  This broke mouse zooming and replot.

        This patchset is an imperfect fix with several known problems:
        - Clipping of zoomed 3D contour plots is not correct.
        - splot volatile with image + zoom + unzoom is flaky
        - plot -> zoom -> set grid -> unzoom   loses the grid setting.
        - you cannot toggle log scaling on/off while using refresh.

        .....
----- ここまで -----

実際には、以下の対処かと思われます (他にもあるかも)。

http://sourceforge.net/tracker/index.php?func=detail&aid=1783514&group_id=2055&atid=352055

〔ツリー構成〕

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┣【1605】 re(3):From Octave maintainers ML 2007/7/12(木)11:46 松岡 (120)

┣【1633】 re(3):From Octave maintainers ML 2007/9/3(月)12:38 竹の (864)

┣【1636】 re(4):From Octave maintainers ML 2007/9/4(火)17:58 松岡 (341)