以下のパッチをあてると
＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊
$ diff -ur plot.c.orig plot.c
--- plot.c.orig 2012-01-14 16:55:14 +0900
+++ plot.c 2012-02-13 08:57:16 +0900
@@ -648,7 +648,9 @@
}
#ifdef _Windows
if (noend) {
- interactive = TRUE;
+#ifndef WGP_CONSOLE
+ interactive = TRUE;
+#endif
while (!com_line());
}
#endif
＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊

gnuplotでグラフをとじるとgnuplotのプロセスを残したままハングしますね。
このあたりが処理が違う原因かなとも思います。
少し考えてみます。

〔ツリー構成〕

【2590】 Win32 の gnuplot の -p 2012/2/10(金)13:18 竹の (791) ≪

┣【2591】 re(1):Win32 の gnuplot の -p 2012/2/12(日)08:16 松岡 (145)

┣【2592】 re(2):Win32 の gnuplot の -p 2012/2/13(月)09:16 松岡 (574)

┣【2593】 re(3):Win32 の gnuplot の -p 2012/2/13(月)09:57 竹の (670)

┣【2594】 re(4):Win32 の gnuplot の -p 2012/2/13(月)15:51 松岡 (372)

┣【2595】 re(5):Win32 の gnuplot の -p 2012/2/13(月)16:01 松岡 (175)

┣【2596】 re(6):Win32 の gnuplot の -p 2012/2/13(月)18:07 竹の (533)

┣【2597】 re(7):Win32 の gnuplot の -p 2012/2/13(月)19:10 松岡 (511)