まず、set term x11 や set term win を実行する必要がある、ということは
デフォルトのその terminal から一度別の出力形式へ切替えて、それから元に
戻すときに x11 や win とかを指定したくない、ということなんだと思うので
すが、そういうことでしょうか。

gnuplot のバージョンが書いてありませんが、そういう要望のために、
gnuplot 4.0 以降には set term push, set term pop があります。

その他の手としては、

1) 環境変数の GNUTERM を使う
2) 初期化ファイルを使う

あたりでしょうか。gnuplot-4.0 だと文字列変数が使えませんから
Unix なら ~/.gnuplot に

OS=1

MS-Windows なら GNUPLOT.INI に

OS=0

とか書いておけば、gnuplot script 内で

if (OS==0) ...
if (OS==1) ...

ということをすることはできます。gnuplot-4.1 なら文字列変数が使
えるので、もう少し可読性のよいことができます。

〔ツリー構成〕

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