X11の開発環境がインストールされているものとします。
config.h や config.log で、X11 に関する項は設定されましたでしょうか？
例えば、私の環境では

grep X11 config.{h,log} |less

により、以下のような出力を得ます。

config.h:#define BINARY_X11_POLYGON 1
config.h:/* Define if you are using the X11 window system. */
config.h:#define X11 1
config.log:PATH: /usr/X11R6/bin
config.log:configure:4473: result: libraries /usr/X11R6/lib, headers /usr/X11R6/
include
...

また、X11 の端末実行ファイル、
/usr/local/libexec/gnuplot/4.0/gnuplot_x11
は生成されたでしょうか。

〔ツリー構成〕

【462】 Gnuplot4.0のインストール 2004/11/3(水)02:43 Sato (790) ≪

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┣【465】 re(3):Gnuplot4.0のインストール 2004/11/3(水)18:46 竹の (166)

┣【466】 re(2):Gnuplot4.0のインストール 2004/11/3(水)23:48 Sato (287)