set object はなかなか使えそうです．ちょっとアイデアが浮かびました．
初期設定ファイル ~/.gnuplot に反転に関するマクロを以下のように定義しておけば，
マクロ一発で反転画面ができるというものです．

### .gnuplot ####
set style line 100 lc rgb "white" lw 2
set style line 101 lc rgb "white" lt 0
set macros
rv_screen = \
"\
set object rect from sc 0, sc 0 to sc 1, sc 1 behind fc rgbcolor '#000099'";\
set border linestyle 100; \
set key textcolor rgb 'white';\
set grid linestyle 101;\
set xlabel textcolor rgb 'white';\
set ylabel textcolor rgb 'white'\
"

### ts_rvcolor.plt ###
@rv_screen; #反転のマクロ呼出

set xlabel "{/Times-Bold=20 Energy (eV)}"
set ylabel "{/Times-Bold=20 intensity (arb.)}"
plot sin(x) lw 2 ,cos(x) lw 2 ,2/(1+x**2)-1 lt 6 lw 2
pause -1
set term post eps color enh solid
set out "ts_rvcolor.eps"
replot
!gv ts_rvcolor.eps

〔ツリー構成〕

【1604】 background color 2007/7/12(木)11:41 松岡 (419) ≪

┣【1606】 re(1):background color 2007/7/12(木)13:57 竹の (1445)

┣【1607】 re(2):background color 2007/7/12(木)16:20 松岡 (319)

┣【1609】 re(3):background color 2007/7/16(月)10:07 竹の (1398)

┣【1610】 re(4):background color 2007/7/16(月)16:25 松田七美男 (845)

┣【1611】 re(4):background color 2007/7/17(火)03:42 松岡 (172)

┣【1612】 re(5):background color 2007/7/17(火)09:51 松岡 (368)

┣【1608】 re(1):background color 2007/7/13(金)14:50 松田七美男 (844)