4.0 の x11 terminal だと「白で塗る」ということができないので多分
難しいでしょう。

4.2 なら色指定ができるので可能です。4.3 だと with circle なんていう
技も使えます (中の塗りつぶしも細かく指定できる)。4.2 の場合の解を下
に示しておきます。

set pointsize 5
plot 'data' w l lt 1, '' w p lt rgb "white" pt 7, '' w p lt 1 pt 6
# w lp lt 1 pt 6 の、○の中が白いもの

〔ツリー構成〕

【1853】 プロットの白抜きについて 2008/6/3(火)14:03 uk (315) ≪

┣【1854】 re(1):プロットの白抜きについて 2008/6/3(火)16:51 竹の (360)

┣【1859】 re(2):プロットの白抜きについて 2008/6/4(水)12:58 uk (258)

┣【1855】 re(1):プロットの白抜きについて 2008/6/4(水)00:05 松田七美男 (468)

┣【1860】 re(2):プロットの白抜きについて 2008/6/4(水)20:25 竹の (421)

┣【1861】 re(3):プロットの白抜きについて 2008/6/4(水)20:50 竹の (332)

┣【1862】 re(4):プロットの白抜きについて 2008/6/4(水)21:46 松田七美男 (185)

┣【1857】 re(1):プロットの白抜きについて 2008/6/4(水)05:01 松岡 (161)

┣【1858】 re(2):プロットの白抜きについて 2008/6/4(水)12:41 松田七美男 (198)