私も一つ別解を思いつきました。これは、ちょっとまともです。

1) X のリソースで

gnuplot*line2Color: white

とする。例えば、

echo 'gnuplot*line2Color: white' | xrdb -merge

でいいでしょう。

2) その状態で、

set pointsize 5
plot 'data' w l lt 1, '' w p lt 2 pt 7, '' w p lt 1 pt 6

でいけそうです。これなら gnuplot-4.0 でいけます。

〔ツリー構成〕

【1853】 プロットの白抜きについて 2008/6/3(火)14:03 uk (315) ≪

┣【1854】 re(1):プロットの白抜きについて 2008/6/3(火)16:51 竹の (360)

┣【1859】 re(2):プロットの白抜きについて 2008/6/4(水)12:58 uk (258)

┣【1855】 re(1):プロットの白抜きについて 2008/6/4(水)00:05 松田七美男 (468)

┣【1860】 re(2):プロットの白抜きについて 2008/6/4(水)20:25 竹の (421)

┣【1861】 re(3):プロットの白抜きについて 2008/6/4(水)20:50 竹の (332)

┣【1862】 re(4):プロットの白抜きについて 2008/6/4(水)21:46 松田七美男 (185)

┣【1857】 re(1):プロットの白抜きについて 2008/6/4(水)05:01 松岡 (161)

┣【1858】 re(2):プロットの白抜きについて 2008/6/4(水)12:41 松田七美男 (198)