なるほどと思い、

set logscale y
set format "%0.16g %0.15g %0.14g"
plot abs(0.0011*sin(x))

としてみました。すると、軸の表示は
Linux 9.999999999999991e-05 9.99999999999999e-05 1e-04
FreeBSD 9.999999999999991e-05 9.99999999999999e-05 0.0001
となりました。。。。
(内部表現は同じっぽいのに、0.0001 の表示だけ異なる。)

アルゴリズム(表示切替えの大小判断と数値の丸めの順番)が異なるか、
Linux でだけ、0.0001 の表示に関して特別なことをしている、
ということでしょうか。

gnuplot の比較的最近の ver のどこかから内部表現が現在の形に変わって、
その際、1e-04 の表示が 0.0001 に変わって、それを気に入らなかった Linux
ユーザーの誰かが、Linux でだけ動作を変えた、などど妄想中です。

〔ツリー構成〕

【1513】 logscale での 固定/浮動小数点の表示の切替え 2007/3/7(水)08:51 ＯｓＮ (560) ≪

┣【1514】 re(1):logscale での 固定/浮動小数点の表示の切替え 2007/3/7(水)10:35 竹の (942)

┣【1515】 re(2):logscale での 固定/浮動小数点の表示の切替え 2007/3/7(水)10:47 竹の (83)

┣【1516】 re(3):logscale での 固定/浮動小数点の表示の切替え 2007/3/7(水)13:47 松田七美男 (446)

┣【1517】 re(4):logscale での 固定/浮動小数点の表示の切替え 2007/3/7(水)13:57 松田七美男 (220)

┣【1519】 re(5):logscale での 固定/浮動小数点の表示の切替え 2007/3/7(水)14:15 ＯｓＮ (475)

┣【1518】 re(3):logscale での 固定/浮動小数点の表示の切替え 2007/3/7(水)14:05 ＯｓＮ (2103)

┣【1520】 re(4):logscale での 固定/浮動小数点の表示の切替え 2007/3/7(水)19:09 竹の (740)

┣【1523】 re(5):logscale での 固定/浮動小数点の表示の切替え 2007/3/7(水)22:33 OsN (625)

┣【1529】 re(6):logscale での 固定/浮動小数点の表示の切替え 2007/3/8(木)10:38 竹の (490)

┣【1522】 re(4):logscale での 固定/浮動小数点の表示の切替え 2007/3/7(水)19:16 竹の (147)

┣【1524】 re(5):logscale での 固定/浮動小数点の表示の切替え 2007/3/8(木)01:50 松田七美男 (343)

┣【1525】 re(6):logscale での 固定/浮動小数点の表示の切替え 2007/3/8(木)07:28 OsN (677)

┣【1526】 re(7):logscale での 固定/浮動小数点の表示の切替え 2007/3/8(木)08:41 OsN (1178)

┣【1527】 re(8):logscale での 固定/浮動小数点の表示の切替え 2007/3/8(木)08:58 OsN (416)

┣【1528】 re(8):logscale での 固定/浮動小数点の表示の切替え 2007/3/8(木)10:14 竹の (1255)

┣【1531】 re(9):logscale での 固定/浮動小数点の表示の切替え 2007/3/8(木)11:33 松田七美男 (94)

┣【1532】 re(10):logscale での 固定/浮動小数点の表示の切替え 2007/3/8(木)12:23 竹の (372)

┣【1533】 re(11):logscale での 固定/浮動小数点の表示の切替え 2007/3/8(木)14:17 松田七美男 (399)

┣【1534】 re(12):logscale での 固定/浮動小数点の表示の切替え 2007/3/8(木)19:32 竹の (2501)

┣【1536】 re(13):logscale での 固定/浮動小数点の表示の切替え 2007/3/8(木)20:10 OsN (868)

┣【1537】 re(13):logscale での 固定/浮動小数点の表示の切替え 2007/3/8(木)20:51 松田七美男 (865)

┣【1539】 re(14):logscale での 固定/浮動小数点の表示の切替え 2007/3/8(木)21:44 竹の (3062)

┣【1538】 re(13):logscale での 固定/浮動小数点の表示の切替え 2007/3/8(木)21:32 松田七美男 (525)

┣【1535】 re(12):logscale での 固定/浮動小数点の表示の切替え 2007/3/8(木)19:54 OsN (1546)