gnuplot自身の改良ができるといいですね．
プログラミングに詳しい方とお見受けしますので，今更ですが，
竹の先生のおっしゃる通りに，ファイルを結合して呼び出す

splot '<cat *.dat' w pm3d

が現在のgnuplotの考え方に従ったものと思います．
データファイルが通常の <x> <y> <z> の並び＋末尾空行１であれば，
問題ないのですが，<z> だけの並び＋末尾空行１であれば,
データ数をsmaxとして

splot "<cat *.dat' u ($0/smax):(floor($0)%smax):1 w pm3d

により，直角直交のグリッド座標<x><y>を補うことができます．
tableを用いてデータを無理やり作成したサンプルを示します．
gnuplot以外に必要なコマンドはcat（MS-Windowsならcopy)だけです．
また，データファイル末尾に空行を1行付けるように変更する必要が
あるかもしれません．


### begin make data
f(x) = x**2*exp(-0.1*x**2) + 10*exp(-100*(x-5)**2)
smax = 500
imax = 20

set samples smax

do for [i=1:imax] {
fname = sprintf("%03d.tbl",i)
set table fname
plot [0:10] f(x)*(1+sin(i*pi/10.0)*0.5)
}

unset table
set table "tmp.tbl"
i=1
do for [i=1:imax] {
cmd = sprintf("< head -%d %03d.tbl |tail -%d |tee tmpdat",smax+4,i,smax)
plot cmd
cmd = sprintf("< gawk '{print $2, $3, %d} END{print $6}' tmpdat |tee %03d.dat",i,i)
plot cmd
}
unset table
set term wxt
### end make data: no importance

set nokey
set xyplane 0 # replace for 'set ticslevel 0'
set palette rgbformulae 22,13,-31
splot '< cat *.dat' u ($0/smax):(floor($0) % smax):1 w pm3d

pause -1

〔ツリー構成〕

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┣【2836】 re(6):splot で複数ファイルのデータをグリッドデータとして扱う方法 2014/8/25(月)16:16 松岡 (221)

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┣【2837】 re(6):splot で複数ファイルのデータをグリッドデータとして扱う方法 2014/8/25(月)16:18 松岡 (118)

┣【2838】 re(6):splot で複数ファイルのデータをグリッドデータとして扱う方法 2014/8/25(月)17:23 松岡 (787)

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┣【2844】 re(8):splot で複数ファイルのデータをグリッドデータとして扱う方法 2014/8/25(月)18:51 松岡 (333)

┣【2845】 re(9):splot で複数ファイルのデータをグリッドデータとして扱う方法 2014/8/25(月)19:05 松岡 (412)

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