波平>x11なら位置を開く位置を個別に指定できますが
波平>windowsの場合は私にはわかりません。
私も試したのですが，windowsでは起動時のオプションとして位置を指定する
ことができませんした。
wgnuplot.iniのGraphOrigin=0 0の位置だけ変えたものを用意して置いて
起動するぐらいしかないのでしょうか。
そう考えて以下のバッチを作って試してみました。
余計なpauseをとると2つのgraph windowsが
なぜかw2.iniで指定したものにかさなってしまいます。


rem 試したバッチファイル
copy c:\windows\wgnuplot.ini wgnuplot.ini.bak
copy w1.ini c:\windows\wgnuplot.ini
start wgnuplot test.plt -
pause
copy w2.ini c:\windows\wgnuplot.ini
wgnuplot -persist test.plt
copy wgnuplot.ini.bak c:\windows\wgnuplot.ini

〔ツリー構成〕

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