自己フォローです.
>余計なpauseをとると2つのgraph windowsが
>なぜかw2.iniで指定したものにかさなってしまいます。
要はタイミングの問題ですね。

バッチを以下のように書き直してみました。
以下のようにタイミングをずらしてやればいいです。
waitの長さを
"*"の数で調整しました。マシンやOS環境で変わるでしょう。
（当方win xp pro sp2 マシンdell 2.4GHz セレロン）
wgnuplotがplot完了をしたタイミングをつかむようにすれば
もっとスマートにかけるでしょう。
┣【179】 あたりの私（松岡）と竹のさんのやり取りを参考にしてしてみてください。
dummyファイルを作成するようにgnuplotスクリプトを書き
その検知をバッチでやればできそうな気がします。

rem 今回のバッチファイル
@echo off
copy c:\windows\wgnuplot.ini wgnuplot.ini.bak
copy w1.ini c:\windows\wgnuplot.ini
start wgnuplot test.plt -
set testtmp=
:loop
copy nul nul
set testtmp=%testtmp%*
if %testtmp% == *********************************************************************** goto exit
goto loop
:exit
set testtmp=
copy w2.ini c:\windows\wgnuplot.ini
wgnuplot -persist test.plt
copy wgnuplot.ini.bak c:\windows\wgnuplot.ini

〔ツリー構成〕

【394】 グラフウィンドウの大きさ位置指定について 2004/10/15(金)17:55 ぷろ (408) ≪

┣【395】 re(1):グラフウィンドウの大きさ位置指定について 2004/10/15(金)20:02 竹の (101)

┣【396】 re(1):グラフウィンドウの大きさ位置指定について 2004/10/15(金)20:06 松岡 (539)

┣【397】 re(2):グラフウィンドウの大きさ位置指定について 2004/10/15(金)20:50 ぷろ (466)

┣【398】 re(3):グラフウィンドウの大きさ位置指定について 2004/10/15(金)22:19 波平 (653)

┣【399】 re(4):グラフウィンドウの大きさ位置指定について 2004/10/15(金)22:48 ぷろ (393)

┣【400】 re(5):グラフウィンドウの大きさ位置指定について 2004/10/16(土)07:08 波平 (836)

┣【401】 re(6):グラフウィンドウの大きさ位置指定について 2004/10/17(日)11:39 松岡 (675)

┣【402】 re(7):グラフウィンドウの大きさ位置指定について 2004/10/17(日)13:52 松岡 (1054)

┣【403】 re(8):グラフウィンドウの大きさ位置指定について 2004/10/17(日)16:44 松岡 (1089)

┣【404】 re(9):グラフウィンドウの大きさ位置指定について 2004/10/17(日)18:19 松岡 (255)

┣【406】 re(10):ありがとうございます 2004/10/18(月)16:29 ぷろ (179)

┣【407】 re(11):ありがとうございます 2004/10/18(月)17:14 松岡 (721)