以下の書体指定？をコピペすると上手く行く事がわかりました。
何故かは知りませんが…　^^;　ただファイル形式に寄るのか？不明です。

［成功］
set title "日本語のフォントが使えます" font "Ryumin-Light-EUC-H,40"
set xlabel "X軸：Kochi-Mincho" font "Ryumin-Light-EUC-H,28"
set ylabel "Y軸：Kochi-Gothic" font "Ryumin-Light-EUC-H,28"
set terminal emf color "Ryumin-Light-EUC-H" 16
set label "文字の回転" at 0,0.5 rotate by 30 \
font "Ryumin-Light-EUC-H,34" front tc lt 1
set out "kanji.emf"
plot (sin(x)/x)**2 w filledcurves lt 3
set output

［失敗例］
set title "日本語のフォントが使えます" font "Ryumin-Light-EUC-H,40"
set xlabel "X軸：Kochi-Mincho" font "Ryumin-Light-EUC-H,28"
set ylabel "Y軸：Kochi-Gothic" font "Ryumin-Light-EUC-H,28"
set term postscript eps color "Ryumin-Light-EUC-H" 16
set label "文字の回転" at 0,0.5 rotate by 30 \
font "Ryumin-Light-EUC-H,34" front tc lt 1
set out "kanji2.eps"
plot (sin(x)/x)**2 w filledcurves lt 3
set output

同一フォント設定でもeps設定では失敗します。

〔ツリー構成〕

【2036】 ＥＰＳ画像の漢字表示 2009/5/9(土)15:02 birei (991) ≪

┣【2037】 re(1):ＥＰＳ画像の漢字表示 2009/5/9(土)21:30 松田七美男 (892)

┣【2038】 re(2):ＥＰＳ画像の漢字表示 2009/5/10(日)06:16 松岡 (406)

┣【2040】 re(3):ＥＰＳ画像の漢字表示 2009/5/10(日)19:11 birei (374)

┣【2043】 re(3):ＥＰＳ画像の漢字表示 2009/5/11(月)01:15 松田七美男 (228)

┣【2039】 re(2):ＥＰＳ画像の漢字表示 2009/5/10(日)19:04 birei (448)

┣【2042】 偶然成功！　　^^;　re(3):ＥＰＳ画像の漢字表示 2009/5/10(日)20:23 birei (1001)

┣【2044】 re(1):偶然成功！　　^^;　re(3):ＥＰＳ画像の漢字表示 2009/5/11(月)01:23 松田七美男 (347)

┣【2045】 re(3):ＥＰＳ画像の漢字表示 2009/5/11(月)09:39 竹の (1333)

┣【2046】 原因が多分わかりました。色々ありがとうございます。 2009/5/11(月)12:44 birei (1543)

┣【2047】 re(1):原因が多分わかりました。色々ありがとうございます。 2009/5/11(月)16:18 竹の (1126)